Maria Holic trata de una chica llamada Kanako Miyamae la cual se acaba de tranferir al segundo año del instituto para chicas Ame no Kisaki a encontrar a su destinadA, su razon es por que sus padres se enamoraron alli, ella es alergica a los chicos y es por eso que se volvio yuri, en su primer dia se encuentra a maria shido, que se resulta ser el hijo del director del insituto, y que se disfrazade chica para jugar con las chicas